Les changements climatiques et d’usage des sols sont des facteurs directs de déclin de la biodiversité majeurs pour lesquels il est nécessaire d’anticiper l’impact futur. Les zones humides méditerranéennes, qui abritent une biodiversité exceptionnelle, sont très vulnérables à ces facteurs mais font trop peu l’objet de mesures de conservation. La création d’aires protégées dans ces milieux peut permettre de réduire localement l’impact des changements climatiques et d’usage des sols sur la biodiversité et notamment les communautés d’oiseaux d’eau. Afin de tirer le meilleur parti de l’efficacité des aires protégées, il est nécessaire d’identifier les zones humides à enjeux de conservation pour lesquelles les changements futurs devraient être les plus importants. L’évaluation de l’exposition des zones humides méditerranéennes à ces facteurs peut permettre d’anticiper les variations futures d’intensité et de distribution des changements climatiques et d’usage des sols selon différentes trajectoires de nos sociétés.Dans cette thèse, j’ai cherché à évaluer si les aires protégées actuelles couvrent bien les zones humides à enjeux de conservation les plus exposées aux changements climatiques et d’usage des sols futurs dans la région méditerranéenne et à identifier où désigner de nouvelles aires protégées afin de limiter l’impact futur de ces deux facteurs sur les communautés d’oiseaux d’eau. Pour ce faire, j’ai calculé différentes métriques d’exposition à ces facteurs, obtenues à partir de projections à l’horizon de la fin du XXIe siècle selon quatre scénarios futurs utilisés dans le cadre du GIEC. Ces métriques ont été croisées avec les données d’abondance hivernale de 151 espèces d’oiseaux d’eau récoltées pendant 25 ans sur 5891 sites (25 pays) dans le cadre du Dénombrement International des Oiseaux d’Eau.Tout d’abord, j’ai mis en évidence la forte exposition aux changements climatiques et d’usage des sols des Zones Clés pour la Biodiversité – des sites à enjeux de conservation de la biodiversité au sens large – en Méditerranée, notamment dans les pays où la protection de ce réseau est limitée. Afin de compléter nos connaissances sur les sites d’importance pour les oiseaux d’eau, j’ai ensuite appliqué trois critères d’identification des zones humides d’importance internationale aux données de comptages hivernaux. J’ai ainsi identifié 161 sites d’importance dont le statut n’est pas reconnu, parmi lesquels 95 n’ont aucun statut de protection. Par la suite, j’ai évalué les difficultés potentielles d’ajustement thermique des communautés d’oiseaux d’eau aux futurs changements de température, en combinant leur spécialisation thermique avec leur exposition à l’augmentation des températures et à la conversion d’habitats naturels. J’ai ainsi montré la pertinence de l’emplacement des aires protégées actuelles qui, de manière générale, devraient pouvoir faciliter l’ajustement thermique futur des communautés d’oiseaux d’eau. J’ai cependant identifié 490 zones humides non protégées à risque, dont 32 d’importance internationale. Enfin, l’évaluation de l’exposition des zones humides côtières à la hausse du niveau marin a permis de mettre en évidence les fortes menaces qui pèsent sur ces sites et plus particulièrement sur les sites protégés et d’importance internationale pour les oiseaux d’eau.Dans leur ensemble, ces différentes évaluations de l’exposition aux changements climatiques et d’usage des sols ont mis en évidence, de manière générale, la pertinence de la localisation du réseau d’aires protégées actuel en Méditerranée. Ces méthodes ont toutefois permis d’identifier d’importants manques de protection des zones humides d’importance pour les oiseaux d’eau et fortement exposées, notamment dans les pays du Maghreb. Les résultats de cette thèse pourront permettre d’orienter la mise en place de mesures de protection des zones humides dans la région méditerranéenne et améliorer ainsi la conservation des communautés d’oiseaux d’eau.